Sebelumnya, KMP Tunu Pratama Jaya dilaporkan mengalami masalah sekitar pukul 00.15 WITA pada Kamis (3/7/2025). Tim operator Pelabuhan Gilimanuk dan nakhoda kapal lain menerima sinyal kode merah dari kapal tersebut yang mengindikasikan kebocoran mesin.
Pukul 00.19 WITA, KMP Tunu Pratama Jaya dilaporkan mengalami mati mesin atau blackout di tengah laut. Kapal ini membawa total 53 penumpang dan 12 kru kapal, serta 22 kendaraan berbagai jenis.
Dalam pencarian ini, petugas gabungan mengerahkan setidaknya sembilan kapal untuk menyisir perairan Selat Bali. Belasan perahu nelayan juga terlihat membantu menyisir beberapa titik di perairan Kabupaten Jembrana, Bali, untuk menyelamatkan para korban.