Dalam implementasinya, pembangunan water taxi akan dilengkapi dengan infrastruktur pendukung, termasuk pelabuhan dan penahan gelombang (breakwater) di sejumlah titik seperti kawasan Bandara Ngurah Rai dan pesisir Canggu. Hal ini penting untuk menjamin aspek keselamatan dan keamanan operasional, mengingat kondisi perairan yang dinamis.
Selain proyek water taxi, pemerintah juga mendorong pengembangan infrastruktur pelabuhan di Bali, salah satunya di Pelabuhan Celukan Bawang, Kabupaten Buleleng. Pengembangan ini bertujuan untuk mengurangi kepadatan arus penyeberangan di lintas Ketapang–Gilimanuk yang selama ini kerap mengalami penumpukan kendaraan, terutama saat periode libur panjang.
Dudy menambahkan, pemerintah juga menyiapkan sejumlah langkah jangka pendek seperti penambahan dermaga dan penyediaan pelabuhan alternatif, serta jangka panjang melalui pengembangan pelabuhan di wilayah utara dan timur Bali. Upaya ini dilakukan untuk menciptakan distribusi arus kendaraan yang lebih merata.