Kunto memulai karier militer di kecabangan infanteri. Dalam perjalanannya, dia pernah memegang sejumlah jabatan, antara lain Danyonif 412/Bharata Eka, Kepala Seksi Operasi Korem 083/Baladhika Jaya, Danyonif 500/Raider (2010) dan Kepala Staf Brigif 13/Galuh (2010—2012).
Adik kandung Kapolda Jambi Irjen Pol Firman Santyabudi ini selanjutnya mengemban jabatan Danbrigif 6/Trisakti Baladaya (2012—2013), Asops Kasdam IX/Udayana, dan Danrem 044/Garuda Dempo (2018).
Kunto lantas dipercaya sebagai Danpuslatpur Kodiklatad (2018—2019) dan berlanjut ke Danrem 032/Wirabraja (2019—2020). Selama bertugas sebagai Danrem 032/Wirabraja, Kunto turut aktif membantu penanganan kebakaran hutan dan lahan di wilayah Sumatera.
Dia menugaskan personelnya untuk terjun ke titik karhuta di Pekanbaru, Riau. Dia juga tak segan menyosialisasikan kepada masyarakat untuk tidak membakar hutan dengan dalih demi membuka lahan pertanian.
"Karhutla sering terjadi karena kebiasaan masyarakat membuka lahan dengan cara membakar. Ini harus dihentikan," katanya kepada wartawan di Pekanbaru, Riau, beberapa waktu lalu.