Warna putih berasal dari kapas yang ditenun, sementara merah dihasilkan dari bahan alami seperti daun jati, bunga belimbing wuluh dan kulit buah manggis.
Selain dari tradisi kerajaan, warna merah putih juga terkait dengan mitologi Austronesia. Merah melambangkan tanah atau bunda bumi, sementara putih menggambarkan langit atau bapak langit.
Filosofi ini kemudian hidup dalam budaya masyarakat Nusantara. Merah melambangkan keberanian, sedangkan putih melambangkan kesucian. Makna tersebut terus diwariskan hingga akhirnya menjadi simbol perjuangan rakyat Indonesia melawan penjajahan.
Pada abad ke-19, pasukan Sisingamangaraja IX dan XII di Tanah Batak menggunakan bendera merah putih bergambar dua pedang kembar berwarna putih. Pedang itu melambangkan pusaka piso gaja dompak.
Di Jawa, Pangeran Diponegoro juga memakai panji merah putih dalam Perang Jawa melawan Belanda. Hal ini menunjukkan warna merah putih menjadi simbol perlawanan rakyat.