Sejalan dengan penugasan yang diberikan pemerintah dan PT Kereta Api Indonesia (persero) sebagai perusahaan induk, KAI Commuter saat ini juga mengoperasikan KA Lokal Merak, KA Prambanan Ekspres, dan segera akan mengoperasikan KRL Yogyakarta – Solo.
Pada GAPEKA 2021 ini, terdapat 14 perjalanan per harinya untuk KA Lokal Merak yang melayani Merak – Rangkasbitung PP. Untuk KA Prambanan Ekspres pada GAPEKA 2021 relasinya berubah menjadi Kutoarjo - Yogyakarta PP dengan delapan perjalanan per harinya. Sebelumnya KA Prambanan Ekspres melayani lintas Kutoarjo – Yogyakarta – Solo PP.
Sedangkan untuk KRL Yogyakarta – Solo PP yang saat ini masih dalam tahap uji coba untuk masyarakat ,akan beroperasi sepenuhnya mulai 10 Februari sesuai pemberlakuan GAPEKA 2021 dengan 20 perjalanan setiap harinya.
Dalam pemberlakuan GAPEKA 2021 ini ada sejumlah perubahan pola operasi perjalanan KRL di beberapa lintas, untuk memastikan keselamatan perjalanan KRL serta perawatan Sarana KRL untuk menjamin kehandalan Sarana KRL dalam pelayanan kepada para penggunanya.
Salah satunya adalah KRL pemberangkatan dari Stasiun Maja yang pada GAPEKA 2021 ini berubah menjadi pemberangkatan awal dari Stasiun Rangkasbitung.