Bagi perguruan tinggi yang tidak sesuai ketentuan berdasarkan Permendikbudristek Nomor 7 Tahun 2020 akan dikenakan sanksi ringan, sedang, berat sampai pada pencabutan izin operasional.
Tahapan pemberian sanksi dilakukan secara berjenjang, untuk sanksi ringan ada di LLDIKTI. Sementara, sanksi sedang dan berat ada pada Dirjen Diktiristek dengan melibatkan tim Evaluasi Kinerja Perguruan Tinggi (EKPT) yang terdiri atas berbagai unsur seperti Kelembagaan, Hukum, Pembelajaran Kemahasiswaan, Sumber Daya, dan Pangkalan Data Pendidikan Tinggi, sehingga keputusan yang diambil berdasarkan fakta dan data yang tervalidasi.
Sebagai informasi, Dirjen Diktiristek menerima pengaduan masyarakat melalui https://sidali.kemdikbud.go.id/app (Sistem informasi pengendalian Kelembagaan Perguruan Tinggi pada Pendidikan Tinggi akademik). Hingga 25 Mei 2023 terdapat 52 pengaduan masyarakat yang ditindaklanjuti dengan pemberian sanksi ringan, sedang, berat sampai pada pencabutan izin operasional.