"MAN IC kekuatannya pada sains dan teknologi tanpa meninggalkan nilai-nilai keagamaan. Kita berharap melalui kehadiran Insan Cendikia ini lahir putra-putra bangsa yang dia memahami sains dan teknologi tetapi juga dia memiliki nilai-nilai keagamaan yang kokoh," ujarnya.
MAN Insan Cendikia awalnya diinisiasi oleh Presiden ketiga BJ Habibie. Madrasah tersebut pertama kali beroperasi di Serpong, Tangerang Selatan tahun 1996.
Awalnya sekolah ini ditujukan untuk siswa unggulan saja. Namun, pada tahun 1997, MAN Insan Cendekia dibuka untuk umum.