Seperti yang sudah dijelaskan sebelumnya, keanekaragaman hayati meliputi tiga tingkatan berdasarkan organisasi biologisnya, dengan penjelasan sebagai berikut.
Keanekaragaman Hayati Gen (Genetic diversity)
Tingkatan keanekaragaman hayati yang pertama adalah Genetik. Gen adalah substansi kimia sebagai faktor penentu sifat keturunan. Gen terdapat di dalam lokus kromosom.
Keanekaragaman tingkat gen merupakan variasi yang terdapat dalam suatu spesies baik dalam suatu populasi atau variasi gen yang terjadi dalam suatu jenis atau spesies makhluk hidup.
Tingkat keanekaragaman hayati dan contohnya adalah bunga mawar merah (Rosa Hiproida atau Rosa sp.), bunga mawar putih (Rosa sericea Lindl) dan bunga mawar kuning.
Keanekaragaman Tingkat Jenis (Species diversity)
Keanekaragaman tingkat jenis atau spesies adalah variasi antar spesies di dalam ekosistem. Variasi antar spesies yang dimaksud misalnya dalam satu genus, famili atau tingkatan taksonomi lebih tinggi lainnya mudah diamati pada variasi dalam satu spesies.