Dalam buku yang ditulis Dodi Mawardi berjudul "Belajar Uji Nyali Dari Benny Moerdani, Dia Tidak Bisa Dibeli Dengan Uang", keluarga Benny dekat dengan Islam. Ayahnya Raden Bagus Moerdani Sosrodirjo, orang Jawa beragama Islam yang pindah ke Sumbawa, Nusa Tenggara Barat.
Sebelum menikah dengan ibunda Benny yang berdarah Eropa dan beragama Katolik, Rochmaria Jeannie, Raden Moerdani beragama Islam dan memiliki beberapa anak dari istri sebelumnya yang beragama Islam juga. Dia kemudian berpindah agama setelah menikah dengan Jeannie.
Suatu ketika Kiai Asyaad di Situbondo pernah mengajak Benny untuk naik haji bersamanya, karena perhatian jenderal Kopassus ini luar biasa kepada pesantrennya.
Salah seorang anak buah Benny, I Wayan Mendra menceritakan bahwa Benny kala itu menjawab: "Kiai, saya kan Katolik. Jadi tidak bisa ke Mekkah..." Kiai Asyaad sambil berguyon menjawab, "Kalau saya yang mengawal Pak Benny, tidak ada yang berani melarang. Termasuk malaikat."
Benny disebut banyak membantu pesantren dan masjid di hampir semua kota di Jawa Timur, mulai dari Ngawi, Madiun, Nganjuk, Tulung Agung sampai di Situbondo. Banyak anak buahnya yang terkaget-kaget karena baru belakangan mengetahui bahwa masjid atau pesantren di wilayahnya, mendapatkan bantuan dan perhatian dari Benny.