Tindakan ini membuat oknum PKI tidak puas dan melaporkannya kepada Presiden. PKI memandang Angkatan Darat sebagai penghalang terbesar bagi realisasi filosofi mereka. Untuk mengatasi hal ini, PKI menculik beberapa pemimpin Angkatan Darat, terutama Ahmad Yani. Pada saat penculikan terjadi, aparat keamanan presiden yang dipimpin Letkol Untung Syamsuri melaksanakan perintah presiden untuk menangkap Ahmad Yani, dan sekitar 200 tentara Tjakrabirawa menangkapnya secara paksa.
Meski berusaha sekuat tenaga, Ahmad Yani akhirnya ditembak mati oleh Sersan Gijadi. Penculikan tersebut terjadi pada tanggal 1 Oktober 1965 sekitar pukul 05.00 dan dikenal sebagai peristiwa G30S/PKI dalam sejarah Indonesia.
Demikianlah biografi Jenderal Ahmad Yani sebagai salah satu pahlawan revolusi yang menjadi korban pada peristiwa Lubang Buaya.