Organisasi Budi Utomo merupakan harapan Cipto Mangunkusumo sebagai wadah bagi 'Tiga Serangkai' dalam berpolitik. Namun karena cekcok atau perbedaan keinginan antara dia dengan Radjiman Wedyodiningrat, salah satu pendiri Budi Utomo, yang menginginkan organisasi sebagai gerakan kebudayaan bersifat Jawa sentris, dia mengundurkan diri. Cipto Mangunkusumo beranggapan Budi Utomo tidak bisa mewakili aspirasinya.
Karena memiliki rasa cinta tanah air dan prihatin melihat kondisi kesehatan rakyat, Cipto Mangunkusumo memberikan pengobatan gratis. Setelah itu, dia melanjutkan kegiatan lain yaitu menjadi seorang dokter di Solo. Dia juga mendirikan sebuah organisasi yang bergerak di bidang sosial yaitu Klub Raden Ajeng Kartini.
Pada 1912, terbentuklah Indische Partij yang didirikan Cipto Mangunkusumo bersama Soewardi Soerjaningrat dan Ernest Douwes Dekker.
Fakta lain dari biografi Cipto Mangunkusumo, dia seringkali diprotes karena bertindak melawan arus, mengenakan pakaian khas batik dan jaket rurik, serta membuat keributan dengan orang Eropa karena duduk kaki terentang. Tapi karena kewibawaan serta kefasihan dalam berbahasa Belanda, orang-orang Eropa terkagum-kagum dengannya.
Pada 1922, dia mendirikan Institut Ksatria bersama Danudirja Setiabudhi. Pemerintah kolonial Belanda menangkapnya dan mengasingkan Cipto Mangunkusumo ke Banda Neira selama 13 tahun. Setelah itu dia pindah ke Makassar, Sukabumi, dan terakhir Jakarta.
Cipto Mangunkusumo mendirikan sebuah rumah sakit di Jakarta yang kemudian dikenal dengan Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo (RSCM), di mana dia meninggal pada 8 Maret 1943.
Jenazahnya dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Watu Ceper di Ambarawa, Jawa Tengah. Pada tahun 1964, pemerintah Indonesia menobatkannya sebagai Pahlawan Pergerakan Nasional.
Itulah biografi Cipto Mangunkusumo, tokoh pergerakan nasional yang namanya selalu dikenang sampai saat ini.