Pada 1922, dia mendirikan Institut Ksatria bersama Danudirja Setiabudhi. Pemerintah kolonial Belanda menangkapnya dan mengasingkan Cipto Mangunkusumo ke Banda Neira selama 13 tahun. Setelah itu dia pindah ke Makassar, Sukabumi, dan terakhir Jakarta.
Cipto Mangunkusumo mendirikan sebuah rumah sakit di Jakarta yang kemudian dikenal dengan Rumah Sakit Cipto Mangunkusumo (RSCM), di mana dia meninggal pada 8 Maret 1943.
Jenazahnya dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Watu Ceper di Ambarawa, Jawa Tengah. Pada tahun 1964, pemerintah Indonesia menobatkannya sebagai Pahlawan Pergerakan Nasional.
Itulah biografi Cipto Mangunkusumo, tokoh pergerakan nasional yang namanya selalu dikenang sampai saat ini.