Kedua, pelaksanaan MBG melalui mekanisme Bantuan Pemerintah (Banper) menimbulkan risiko perpanjangan rantai birokrasi, potensi rente, serta berkurangnya porsi anggaran bahan pangan akibat potongan biaya operasional dan sewa.
Ketiga, pendekatan sentralistik dengan BGN sebagai aktor tunggal meminggirkan peran pemerintah daerah dan melemahkan mekanisme check and balances dalam penentuan mitra, lokasi dapur, dan pengawasan.
Keempat, tingginya potensi konflik kepentingan dalam penentuan mitra SPPG/dapur karena kewenangan terpusat dan SOP yang belum jelas.
Kelima, lemahnya transparansi dan akuntabilitas, terutama dalam proses verifikasi dan validasi yayasan mitra, penentuan lokasi dapur, serta pelaporan dan pertanggungjawaban keuangan.
Keenam, banyak dapur tidak memenuhi standar teknis SPPG, yang berdampak pada kasus keracunan makanan di berbagai daerah. Ketujuh, pengawasan keamanan pangan belum optimal, dengan minimnya keterlibatan Dinas Kesehatan dan BPOM sesuai kewenangannya.
Kedelapan, belum adanya indikator keberhasilan program MBG, baik jangka pendek maupun jangka panjang, serta belum dilakukan pengukuran baseline status gizi dan capaian akademik penerima manfaat.