Pondok Pesantren Sidogiri telah berdiri sejak tahun 1718 dan berada di wilayah Pasuruan Jawa Timur. Diperkirakan Sidogiri adalah salah satu pesantren tertua dan terkenal di Pulau Jawa. Pondok ini didirikan oleh Sayyid Sulaiman dan Kyai Aminullah.
Sejalan dengan ajaran Ahlussunnah wal Jamaah, Sidogiri masih memiliki sistem sekolah murni Salaf yang fokus pada pembelajaran tentang keimanan, syariah, dan akhlak.
Pondok Pesantren di Langitan, Tuban, Jawa Timur, berdiri sejak tahun 1852. Meski memiliki bangunan yang indah, pesantren ini juga telah melahirkan sejumlah ulama kharismatik.
Beberapa di antaranya adalah KH Muhammad Kholil dari Bangkalan, Kyai Haji Hasyim Asy'ari sebagai pendiri Nahdlatul Ulama yang berasal dari Madura, dan Kyai Haji Syamsul Arifin yang merupakan ayah dari KH As'ad Syamsul Arifin yang juga pendiri NU.
Pondok pesantren Lirboyo terletak di Kecamatan Mojoroto, Kota Kediri, Jawa Timur. Pondok ini di prakarsai oleh Kyai Haji Abdul Karim pada tahun 1910, pesantren ini memainkan peran penting selama perjuangan kemerdekaan Indonesia pada 10 November 1945.