Namun, hujan lebat kembali terjadi pada malam hari hingga Sabtu dini hari yang menyebabkan luapan Sungai Bermi dan limpasan Sungai Meduri sehingga jalur rel terendam hingga sekitar 23 cm. Pada Minggu pagi, kondisi diperberat dengan jebolnya tanggul sungai yang memicu banjir di titik baru Km 89+100.
Sepanjang periode Jumat, 16 Januari hingga Minggu, 18 Januari 2026, total perjalanan kereta api antarkota di wilayah Jawa tercatat sebanyak 593 perjalanan.
Dari jumlah tersebut, KAI melakukan pembatalan 82 perjalanan kereta api antarkota, dengan rincian 21 perjalanan dibatalkan pada Jumat (17/1) dan 61 perjalanan dibatalkan pada Minggu (18/1). Selain itu, 17 perjalanan kereta api diberlakukan pola operasi memutar melalui lintas Cirebon-Kroya-Yogyakarta-Solo guna menghindari lintasan terdampak banjir.
Selama periode tersebut, KAI juga mencatat 76 perjalanan kereta api mengalami keterlambatan dengan rata-rata kelambatan sekitar 240 menit. Hingga Minggu siang, 51 perjalanan kereta api keberangkatan Jumat (17/1) masih dalam perjalanan dan belum mencapai tujuan.
Adapun kelambatan tertinggi tercatat pada KA 260B (KA Tawang Jaya relasi Pasar Senen-Semarang Poncol) dengan keterlambatan 445 menit untuk keberangkatan, serta KA 21A (KA Argo Muria relasi Semarang Tawang-Gambir) dengan keterlambatan 484 menit untuk kedatangan.