Portugis kemudian meminta izin dan membangun kerja sama dengan kerajaan-kerajaan di Maluku, salah satunya Kerajaan Ternate.
Namun, lama kelamaan ambisi Portugis untuk menguasai Nusantara pun mulai terlihat. Portugis melanggar kesepakatan dan menerapkan sistem monopoli perdagangan. Tak hanya itu, Portugis juga mencoba untuk menaklukkan Maluku.
Kemudian, Portugis pun memperluas wilayah jajahan sampai ke Pulau Jawa hingga akhirnya kalah dari Belanda pada 1602.
Spanyol datang ke Nusantara saat Portugis masih menduduki Indonesia, tepatnya pada 1521-1629. Sama seperti Portugis, Spanyol juga datang ke wilayah Kerajaan Ternate.
Alhasil, kedua negara Eropa ini saling bersaing ketat. Kemudian pada 1529 terjadilah kesepakatan yang menyatakan Spanyol harus harus meninggalkan Maluku dan pergi ke Filipina, sementara Portugis tetap berada di Maluku.