Penyebab alami banjir adalah erosi dan sedimentasi, curah hujan, pengaruh fisiografi atau geofisika sungai, kapasitas sungai, drainase lahan, dan pengaruh air pasang.
Perubahan tata guna lahan menyebabkan erosi sehingga sedimentasi masuk ke sungai dan daya tampung sungai menjadi berkurang.
Air hujan yang jatuh ke tanah akan berubah menjadi aliran permukaan tanah, sedangkan sebagian lainnya bisa meresap ke dalam tanah apabila kondisi tanahnya baik.
Namun, jika suatu kawasan hutan diubah menjadi permukiman, hutan yang bisa menahan aliran permukaan cukup besar berubah menjadi permukiman dengan resistensi aliran permukaan kecil.
Akibatnya ada aliran permukaan tanah menuju sungai dan hal ini berakibat adanya peningkatan debit aliran sungai yang besar.