Fakultas Farmasi di UGM sendiri merupakan instansi pendidikan kefarmasian tertua yang ada Indonesia. Pasalnya, Fakultas Farmasi Universitas Gadjah Mada telah didirikan oleh oleh Kementrian Kesehatan RI sejak tanggal 27 September 1946. Fakultas ini mempunyai 5 Program Studi (Prodi), yaitu :
-Sarjana Ilmu Farmasi (Akreditasi A)
-Magister Ilmu Farmasi (Akreditasi A)
-Doktor Ilmu Farmasi (Akreditasi A)
-Profesi Apoteker (Akreditasi A)
-Magister Farmasi Klinik (Akreditasi A)
Jurusan farmasi di Universitas Indonesia (UI) telah ada sejak tahun 1965. Jurusan ini sebelumnya merupakan bagian dari Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan alam (FMIPA).
Guna menunjang pendirian Rumpun Ilmu Kesehatan yang terintegrasi di lingkungan UI, berdasarkan Keputusan Rektor Nomor 2408A/SK/R/2011 tanggal 29 November 2011 tentang Pembukaan Fakultas Farmasi Universitas Indonesia, maka Departemen Farmasi FMIPA UI berubah menjadi Fakultas Farmasi UI.
Fakultas Farmasi UI sampai pengelola 5 program studi, yaitu:
-Program Studi Sarjana Farmasi
-Program Studi Profesi Apoteker
-Program Studi Magister Ilmu Kefarmasian
-Program Studi Magister Ilmu Herbal
-Program Studi Doktor Ilmu Farmasi