Untuk menunjang kunjungan wisata dan memperlancar arus logistik, kini tersedia tiga jalur utama yang bisa menjadi alternatif menuju Kepulauan Seribu.
Jalur ini menjadi pilihan favorit wisatawan karena menggunakan kapal cepat (speedboat) dengan waktu tempuh 30–60 menit, tergantung tujuan pulau.
Pelabuhan Marina Ancol terletak di kawasan wisata Taman Impian Jaya Ancol, Jakarta Utara, sehingga aksesnya sangat mudah dan dilengkapi dengan fasilitas modern.
Beberapa kapal cepat beroperasi setiap hari menuju pulau-pulau seperti Pulau Bidadari, Pulau Pramuka, Pulau Tidung, Pulau Sepa, hingga Pulau Macan. Harga tiket bervariasi antara Rp200.000–Rp500.000 per orang tergantung jarak dan jenis kapal.
Bagi wisatawan dengan anggaran terbatas, Pelabuhan Kali Adem, Muara Angke, menjadi pilihan utama. Dari sini, pengunjung bisa menaiki kapal kayu tradisional atau kapal motor penumpang menuju Pulau Pari, Pulau Pramuka, atau Pulau Tidung dengan waktu tempuh sekitar 2–3 jam.