Adapun, MRT Lintas Timur-Barat nantinya dibagi ke dalam dua fase. Tahap pertama meliputi wilayah DKI Jakarta yang ditargetkan sudah dapat beroperasi pada 2031 dengan sasaran konstruksi paling lambat dimulai pada 2024. Tahap kedua mencakup Banten serta Jawa Barat dengan target operasional pada 2033.
Pada fase 1, pembagian kembali dilakukan menjadi stage 1 sepanjang 24,5 kilometer yang akan melewati Tomang, Dukuh Atas, Senen, Perintis hingga Medan Satria serta stage 2 sepanjang 9,237 km yang melintasi Tomang dan Kembangan.
Sementara itu, MRT Timur–Barat fase 2 akan terbagi atas lintas Banten sepanjang 29,900 km yang melalui Kembangan, Kelapa Dua sampai Balaraja, serta lintas Jawa Barat sepanjang 20,438 kilometer yang melewati Medan Satria dan Cikarang.
Untuk fase I tahap I dari Medan Satria menuju Tomang, jalur ini direncanakan melewati 21 stasiun dengan konsep infrastruktur berupa jalur layang dan juga bawah tanah.