2. Rekayasa Lalu Lintas
Rekayasa lalu lintas pada area Stasiun Glodok menuju ke arah utara (arah Kota Tua) maupun sebaliknya ke arah selatan (arah Mangga Besar) tetap berada di Jalan Gajah Mada dengan konfigurasi yang sama dengan Stage 3.1.
Pada sisi timur Jalan Hayam Wuruk tetap difungsikan sebagai jalan akses bagi kendaraan untuk penghuni dan pengunjung pada bangunan-bangunan sisi Timur, namun terdapat pergeseran dengan konfigurasi sesuai kebutuhan area kerja konstruksi.
2. Stasiun Kota
A. Stage 6.4 (Periode 21 Agustus 2025 hingga 15 November 2025)
1. Area konstruksi akan berada di sisi barat Jalan Pintu Besar Selatan dan di sisi Selatan Plaza BEOS Kota Tua, dengan cakupan pekerjaan, antara lain: pekerjaan struktur, arsitektur dan MEP area stasiun, pekerjaan Cooling Tower dan Ventilation Tower (CT- VT), pekerjaan pintu masuk (entrance) sisi timur-utara dan pekerjaan struktur koridor penghubung serta pintu masuk (entrance) menuju kawasan Kota Tua.
2. Rekayasa Lalu Lintas
Rekayasa lalu lintas untuk umum pada area sekitar pekerjaan konstruksi Stasiun Kota tetap menggunakan konfigurasi pada rekayasa lalu lintas stage sebelumnya. Lalu lintas dari selatan (Glodok) menuju utara (arah Kota Tua) dan/atau barat (arah Pesing) tetap melalui Jalan Pancoran, Jalan Pintu Kecil, dan seterusnya. Sementara itu, lalu lintas dari utara (Kota) dan timur (Mangga Dua) menuju selatan (arah Glodok) tetap melalui Jalan Pinangsia dan Jalan Hayam Wuruk. Lalu lintas pada Jalan Pinangsia tetap diberlakukan satu arah menuju ke arah selatan (arah Glodok).
Rekayasa lalu lintas pada Jalan Pintu Besar Selatan tetap dikhususkan untuk untuk Transjakarta, penghuni dan konsumen toko di Jalan Pintu Besar Selatan. Namun, apabila terjadi kepadatan lalu lintas, terutama pada Jalan Pancoran, maka Jalan Pintu Besar Selatan akan dibuka untuk umum secara situsional.