Ia memimpin Gerakan Keadilan Sosial, sebuah LSM yang memperjuangkan hak hak warga sipil. Hingga pada April 1999, Wan Azizah mendirikan Partai Keadilan Nasional (PKN).
Wan Azizah membawa PKN ke dalam penggabungan dengan Partai Rakyat Malaysia. Saat itu, ia terpilih sebagai presiden partai. Pada 1999-2018, Wan Azizah menjadi presiden Partai Keadilan Rakyat.
Partai Keadilan Rakyat merupakan hasil gabungan dari Partai Keadilan Nasional dan Partai Rakyat Malaysia. Selain itu, pada 1999, Wan Azizah memimpin partai guna memenangkan lima kursi di parlemen.
Ia pun terpilih sebagai Anggota Parlemen untuk Permatang Pauh. Pada Pemilu 2004, Wan Azizah berhasil mempertahankan posisinya. Selanjutnya, di tahun 2018, Wan Azizah ditunjuk menjadi Wakil Perdana Menteri Malaysia di bawah kepemimpinan PM Mahathir Mohamad.