Singapura dan Malaysia juga terlibat dalam sengketa terkait beberapa pulau karang termasuk Pedra Branca di Selat Singapura pada 1979.
Pedra Branka terletak sekitar 24 mil laut dari Singapura dan 7,7 mil laut dari garis pantai Malaysia.
Pada 2008, Mahkamah Internasional menetapkan Pedra Branca milik Singapura.
Singapura menggunakan kawasan laut untuk memperluas pulau-pulau melalui proyek reklamasi termasuk pulau Jurong yang berukuran 32 kilometer persegi.
Pada 2003, Malaysia mengatakan Singapura melanggar batas wilayah dengan melakukan proyek reklamasi di Selat Johor. Sengketa itu diselesaikan melalui proses arbitrasi.
Kedua negara tampaknya akan terlibat dalam sengketa teritorial lagi di tengah laporan bahwa Malaysia berupaya mengaktifkan lagi proyek jembatan yang menghubungan dua negara.
Proyek ini pertama kali diajukan oleh Mahathir pada masa kepemimpinannya pada 2003 untuk mengurangi kemacetan, namun Singapura merasa proyek itu tidak bermanfaat. Proyek itu kemudian dibatalkan oleh perdana menteri berikutnya, Abdullah Ahmad Badawi.