Namun Mursi digulingkan oleh militer yang dipimpin oleh Abdul Fattah Al Sisi pada 2013. Dia langsung dijebloskan ke penjara atas berbagai tuduhan, termasuk menghasut kekerasan terhadap demonstran pada akhir 2012 serta menjadi mata-mata Qatar. Dia membantah semua tuduhan tersebut.
Mursi meninggal dunia saat menjalani sidang pada 17 Juni 2019 setelah sempat pingsan di pengadilan Kairo. Pria yang meninggal di usia 67 tahun itu lebih dulu dijatuhi hukuman 45 tahun penjara.
Sementara itu Sisi menang dalam pemilu pada 2014 dan pada pemilihan tahun ini dia mendapat 97 persen suara.