Para ahli sebelumnya mengatakan Jepang dan AS ingin mencegah puing-puing pesawat itu ditemukan terlebih dulu oleh Rusia atau China karena di dalam pesawat tersimpan sejumlah besar rahasia.
Jet tempur F-35A hilang pada 9 April saat terbang 135 kilometer (85 mil) di sebelah timur Misawa.
Pesawat kehilangan kontak sekitar 30 menit setelah lepas landas dari Pangkalan Udara Misawa. Ada empat pesawat yang mengikuti misi latihan rutin, namun hanya tiga yang kembali.
Ini merupakan kasus kecelakaan pertama F-35A sejak Jepang membelinya dari Lockheed Martin, Amerika Serikat.