Hubungan bilateral kedua negara meliputi banyak sektor, mulai dari investasi, perdagangan, pariwisata, hingga kebudayaan.
Di Indonesia, Pemerintah Jepang memiliki sejumlah kantor perwakilan, termasuk Kedutaan Besar di Jakarta, dan beberapa Konsulat Jenderal yakni di Medan, Surabaya, Denpasar, dan Makassar.
Pada 2017, Perdana Menteri Jepang Shinzo Abe berkunjung ke Indonesia dan membahas sejumlah kerja sama dengan Presiden Jokowi. Keduanya membahas kerja sama dalam konteks Two Plus Two (2+2) antara Menteri Luar Negeri dan Menteri Pertahanan kedua negara yang dilakukan pada tahun yang sama.
Seperti diberitakan pelantikan Jokowi-Ma'ruf Amin akan dihadiri sembilan kepala negara serta para pejabat perwakilan negara sahabat. Kebanyakan yang mengirim kepala negara berasal dari tetangga.
Perdana Menteri Malaysia Mahathir Mohamad, Perdana Menteri Singapura Lee Hsien Loong, Sultan Brunei Hassanal Bolkiah, serta Perdana Menteri Australia Scott Morrison dipastikan hadir. Selain itu China mengutus Wakil Presiden Wang Qishan.