Jet tempur canggih itu hilang pada 9 April saat terbang 135 kilometer di sebelah timur Misawa, timur laut Jepang, saat sedang dalam misi pelatihan.
Pesawat hilang kontak sekitar 30 menit setelah lepas landas dari Pangkalan Udara Misawa dengan tiga pesawat lainnya.
Ini merupakan kecelakaan pertama yang tejadi pada F35-A.
Jepang mengerahkan sejumlah F35-A, yang masing-masing harganya lebih dari 10 miliar yen atau 90 juta) dolar AS, untuk menggantikan pesawat tempur F-4 yang sudah tua.
Jet-jet itu merupakan bagian penting dari upaya Perdana Menteri Shinzo Abe untuk meningkatkan kapasitas militer negara demi memenuhi dinamika kekuatan yang berubah di Asia Timur, di mana saat ini tengah dodominasi China dengan militernya.