Di antara dosa-dosa yang dituduhkan kepadanya, Kim Yong Chol disebut pernah memimpin biro intelijen Korut untuk memata-matai Seoul. Dia juga dituduh memberi perintah menembakkan torpedo ke kapal Korsel Cheonan pada 2010 yang menewaskan 46 prajurit angkatan laut.
Tak hanya itu, Kementerian Pertahanan Korsel juga mengaitkan Kim Yong Chol dengan pengeboman di Pulau Yeonpyeong, masih di tahun yang sama. Serangan itu menewaskan empat orang.
Namun Korut membantah semua tuduhan itu.