Di masa awal beroperasinya penjara, para tahanan dimasukkan ke dalam kurungan yang terbuat dari kabel yang tajam.
Fasilitas yang dikenal sebagai Camp X-Ray itu kemudian diganti dengan struktur bangunan yang lebih permanen. Hingga saat ini penjara Guantanamo terdiri dari banyak bangunan dengan keamanan tinggi.
Puncak beroperasinya penjara ini terjadi setelah peristiwa 911. Fasilitas tersebut menampung 780 orang dari berbagai negara, sebagian besar merupakan tahanan Alqaeda, Taliban, dan kasus terorisme.
Namun tak lama setelah itu, sebagian besar tahanan dikembalikan ke negara masing-masing. Hanya tersisa 41 tahanan yang tersisa, sebanyak 26 di antaranya terjebak dalam proses hukum yang tak kunjung selesai.
Mereka disebut dengan tahanan selamanya, tak pernah jelas bagaiamana ujung kasus mereka. Namun sebagian dari mereka akhirnya dikembalikan saat pemerintahan Obama. Sebagian lainnya kembali terperangkap di masa pemerintahan Trump.