Negara ini termasuk salah satu negara yang paling vokal dalam menyuarakan kemerdekaan Papua dari Indonesia.
Adanya kedekatan geografis dan etnis menjadi dasar Vanuatu sangat berani dalam mendukung Papua.
Bentuk dukungan Vanuatu ini dapat dilihat kala mereka memboikot misi “ Spearhead Group (MSG) ke Indonesia pada 2014 silam.
Sebagai informasi, Melanesian Spearhead Group (MSG) merupakan organisasi yang beranggotakan negara-negara yang berlatar belakang budaya Melanesia.
Edward Natapei yang merupakan Menteri Luar Negeri Vanuatu kala itu menyatakan bahwa mereka akan mengirimkan delegasinya apabila diizinkan bertemu kelompok kemerdekaan pro kemerdekaan Papua.
Selain itu, hampir setiap tahun dalam sidang Majelis Umum PBB, Vanuatu juga kerap menyinggung dugaan pelanggaran HAM yang terjadi di Papua.