Waktu untuk mengerjakan sholat Taubat ini, secara prinsipnya boleh dilakukan kapan saja, baik siang atau pun malam. Karena sholat Taubat ini tidak terikat dengan waktu tertentu sebagaimana umumnya sholat fardhu atau beberapa jenis shalat sunnah yang lainnya.
Bahkan para ulama berpendapat bahwa tidak ada larangan apabila shalat Taubat mau dikerjakan pada waktu-waktu yang terlarang untuk shalat sunnah mutlak sekali pun. Karena pada prinsipnya shalat Taubah itu adalah shalat yang ada sebabnya secara syar'i.
Namun para ulama mengatakan sholat taubat paling baik dilakukan pada sepertiga malam terakhir atau selama waktu sholat tahajud dilakukan.