Namun para ulama mengatakan sholat taubat paling baik dilakukan pada sepertiga malam terakhir atau selama waktu sholat tahajud dilakukan.
Sholat taubat ini dikerjakan dua rakaat sebagaimana disebutkan di dalam hadits Abu Bakar radhiyallahuanhu.
ثُمَّ يَقُومُ فَيُصَلِّي رَكْعَتَيْنِ
Artinya: Mendirikan shalat dua rakaat. (HR. Abu Daud)
Sholat Taubat lebih utama dikerjakan dengan sendirian, karena tidak termasuk jenis sholat yang disunnahkan untuk dikerjakan dengan cara berjamaah.
Anjuran melaksanakan sholat taubat ini diriwayatkan Imam at Tirmidzi dari sahabat Ali bin Abi Thalib, dari sahabat Abu Bakar As-Shidiq bahwa Rasulullah Saw bersabda:
مَا مِنْ رَجُلٍ يُذْنِبُ ذَنْبًا ثُمَّ يَقُومُ فَيَتَطَهَّرُ، ثُمَّ يُصَلِّي ثُمَّ يَسْتَغْفِرُ اللَّهَ إِلَّا غَفَرَ لَهُ