Selain tempat ibadah, Masjid Istiqlal juga juga digunakan untuk keperluan sosial, informasi, dakwah, pendidikan, dan kegiatan masyarakat lainnya. Masjid ini dikelola oleh Badan Pengelola Masjid Istiqlal Jakarta.
Masjid Istiqlal memiliki daya tampung jamaah sebanyak 200.000 orang. Terdapat tujuh pintu gerbang masuk ke dalam masjid. Ketujuh pintu gerbang itu dinamakan berdasarkan Asmaul Husna. Bangunan utama berdenah segi empat menghadap ke utara.
Bertingkat lima, di sebelah tenggara terdapat beberapa bangunan terbuka. Tinggi gedung utama sekitar 60 meter, sedangkan panjangnya 100 meter, dan lebarnya 100 meter Gedung utama masjid ini memiliki 2.361 tiang pancang.
Gedung utama ini merupakan bangunan berlantai dua. Lantai pertama untuk perkantoran, ruang pertemuan, sedangkan lantai dua, untuk shalat yang terdiri dari ruang shalat utama dan teras terbuka. Gedung utama dengan ruang shalat utama mengarah ke kiblat, sedangkan teras terbuka yang luas mengarah ke Monumen Nasional (Monas).
Masjid ini juga memiliki kubah besar, gedung pendahuluan, teras raksasa, koridor, menara, lantai dasar, dan berbagai sarana dan prasarana yang mendukung kegiatan Masjid Istiqlal.