Setelah resmi diresmikan, pengelolaan Masjid Sheikh Zayed Solo akan ditangani oleh pemerintah melalui Kementerian Agama.
Selain itu, masjid ini juga diharapkan selain bisa menjadi tempat ibadah, namun juga bisa menjadi pusat untuk memoderasi segala hal.
Kedepannya, masjid ini diharapkan tidak hanya menjadi tempat ibadah, tetapi juga berfungsi menjadi pusat kegiatan dakwah, sosial dan pembinaan umat.