Setelah berpuluh tahun menjadi negarawan dan sempat menjabat sebagai Duta Besar RI di Vatikan sejak 1969 hingga 1973, Husein Mutahar meninggal dunia di Jakarta pada 9 Juni 2004. Dia mengembuskan napas terakhir di usia 88 tahun.
Mutahar meninggal di kediaman anak angkatnya, Sanyoto, di Cipete, Jakarta Selatan. Sang penerima Bintang Gerilya dan Bintang Mahaputra itu diketahui tinggal di Cipete, setelah rumahnya di kawasan Kebayoran Baru ludes terbakar bersama dokumen-dokumen penting miliknya. Jenazah sang negarawan itu lalu dimakamkan di Pemakaman Jeruk Purut, Jakarta Selatan.
Kepergian Husein Mutahar meninggalkan delapan anak angkat, belasan cucu, dan karya-karya lagunya yang tak lekang dimakan zaman.