IDI sendiri merupakan organisasi profesi kedokteran yang pemimpin dan anggotanya hanya dokter Indonesia dan bukan lagi dokter asing.
Berdasarkan laman Kementerian Kesehatan, organisasi IDI lahir pada 1911 dari perkumpulan dokter di nusantara yang diberi nama Vereniging van Indische Artsen.
Kemudian pada 1926, organisasi ini mengalami perubahan nama menjadi Vereniging Van Indonesische Genesjkundigen (VGI).
VIG kemudian mengadakan kongres di Solo pada 1940, dimana dalam kongres ini dikumpulkan sekitar 3.000 istilah baru dalam dunia kedokteran.
Kemudian saat masuknya Jepang ke Indonesia, VIG berubah nama menjadi Jawa izi Hooko-Kai.
Pada 24 Oktober 1950, Dr Soeharto yang merupakan panitia Dewan Pimpinan Pusat IDI saat itu bersama sejumlah pengurus lainnya menghadap notaris. Setelah itu, diperolehlah dasar hukum berdirinya perkumpulan para dokter yang diberi nama Ikatan Dokter Indonesia.