Meski demikian, pada 2014 lalu, Direktur Jenderal Pajak mengeluarkan aturan yang secara substansi mengakui persoalan sengketa tersebut tidak menyangkut dengan objek pajak. Artinya, bukan PGN tidak menyetorkan wajib pajaknya, namun perusahaan tersebut selama ini tidak mengutip pajak terhadap konsumen yang membeli gas dari perusahaan.
"Karena memang yang dijadikan objek itu kan memang tidak pernah dikasih pajak, PPN oleh PGN. Jadi penjualannya tidak dikasih pajak PGN ke konsumennya karena enggak dimasukan dalam objek pajak," katanya.
Namun, saat kasus tersebut telah masuk ke Mahkamah Agung (MA) justru perusahaan diwajibkan untuk membayarkan PPN. Karena itu, Kementerian BUMN akan melakukan dua langkah terkait masalah tersebut.
Pertama mendialogkan dengan Kemenkeu karena mereka mengakui ini bukanlah objek pajak. Kedua, mendorong PGN untuk melakukan Peninjauan Kembali (PK) ke MA. "PGN yang mengajukan PK ke MA, tapi kami komunikasi dengan Kemenkeu juga," ucapnya.
Dalam surat penjelasan ke Bursa Efek Indonesia tertanggal 30 Desember 2020, Sekretaris Perusahaan PGN Rachmat Hutama menjelaskan kronologi sengketa pajak tersebut. Pada awalnya PGN memiliki perkara hukum yaitu sengketa pajak dengan DJP atas transaksi Tahun Pajak 2012 dan 2013 yang telah dilaporkan di dalam catatan Laporan Keuangan Perseroan per 31 Desember 2017.
Sengketa itu berkaitan dengan perbedaan penafsiran dalam memahami ketentuan perpajakan yaitu PMK-252/PMK.011/2012 (PMK) terhadap pelaksanaan kewajiban pemungutan PPN atas penyerahan gas bumi.