Karier Suprajarto meningkat ketika terpilih menjadi wakil direktur utama PT Bank Negara Indonesia (BNI) pada tahun 2015.
Menjabat sebagai Wakil Dirut BNI selama dua tahun, Suprajarto kembali lagi ke BRI karena terpilih menjadi Dirut BRI dalam Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) pada 15 Maret 2017. Dia menggantikan Dirut BRI sebelumnya, Asmawi Syam.
Di tangan Suprajarto, BRI berkembang menjadi bank dengan pertumbuhan pesat. Dalam 2 tahun memimpin, Suprajarto membawa total aset BRI sebesar 29,3 persen, dari Rp996 triliun pada 2017 menjadi Rp1.288 triliun pada Juni 2019.
Tak hanya itu, kapitalisasi pasar BRI pun tercatat menduduki posisi ke-3 terbesar di ASEAN, dengan nilai mencapai Rp550 triliun.
Pada 2019, Suprajarto kemudian ditunjuk menjadi Dirut PT Bank Tabungan Negara (Persero) Tbk atau BTN. Namund alam RUPSLBpada 29 Agustus 2019, Suprajarto menolak jabatan tersebut.
Meski demikian, kariernya sebagai bankir tidak berakhir. Sampai akhir hayatnya, Suprajarto masih menjabat posisi komisaris utama PT Bank Jatim Tbk.