Dia lalu melanjutkan karir profesionalnya di beberapa institusi jasa keuangan, termasuk antara lain sebagai Head of Equity Research & Bank Analysis di Credit Suisse Securities Indonesia. Selama kurun waktu 2008–2010, Mirza Aditya menjabat sebagai Managing Director, Head of Capital Market, Mandiri Sekuritas sekaligus sebagai Kepala Ekonom Bank Mandiri Group.
Mirza Aditya pun dipercaya mengemban amanah sebagai anggota Dewan Komisioner Lembaga Penjamin Simpanan (LPS). Pada April 2012, dia ditugaskan sebagai Kepala Eksekutif LPS sekaligus Dewan Komisioner. Dia lalu resmi menjabat sebagai Deputi Gubernur Senior Bank Indonesia sejak 2014 hingga 2019 di masa kepemimpinan Gubernur BI Agus Martowardojo.
Setelah jabatannya selesai dari BI, Mirza Aditya tercatat menjadi jajaran komisaris di beberapa perusahaan, di antaranya menjadi Komisaris Utama PT Mandiri Sekuritas dan Komisaris Independen PT Sarana Menara Merdeka. Saat ini, Mirza masih tercatat sebagai Komisaris Utama PT Visionet Internasional (OVO).