Djoksis memulai kariernya di dunia migas pada tahun 1990 di PT Sarana Putra Makmur sebagai Petroleum Engineer. Setelah itu, dia mulai mendapatkan banyak penugasan khususnya di lingkungan BPH Migas, di antaranya Direktur BBM, Direktur Gas, serta Sekretaris BPH Migas.
Djoko kemudian ditarik ke Ditjen Migas dengan jabatan Direktur Pembinaan Hulu Migas dan terakhir menjabat Direktur Teknik dan Lingkungan, sebelum ditarik ke SKK Migas.
Kala di SKK Migas, Djoksis menjabat sebagai Deputi Pengendalian Pengadaan SKK Migas. Adapun tugasnya di SKK Migas yaitu mengelola pengadaan barang dan jasa, rantai suplai, tingkat komponen dalam negeri, pengawasan dan analisis biaya, serta pengelolaan aset barang milik negara yang dikelola oleh kontraktor migas.
Karier Djoksis pun semakin moncer saat dirinya diangkat menjadi Direktur Jenderal Minyak dan Gas Bumi (Migas) oleh Menteri ESDM saat itu yakni Ignasius Jonan pada 2018 lalu. Djoksis menggantikan Ego Syahrial yang kala itu ditunjuk sebagai Sekretaris Jenderal ESDM.
Namun demikian, Djoksis tidak lama menduduki posisi Dirjen Migas tersebut. Pasalnya, pada 2019, Djoksis dicopot dari jabatannya dan kemudian dilantik sebagai Sekretaris Jenderal Dewan Energi Nasional (DEN). Setidaknya, jabatan itulah yang hingga kini masih dijabat oleh Djoksis.